La comunità domenicana di Sant’Agnese fu fondata nella prima metà del XIII secolo extra mœnia a Fondiano, dove nel 1494 subì la devastazione da parte di un gruppo di fuoriusciti spoletini che incendiarono il monastero provocando la morte di numerose religiose.

Le otto superstiti trovarono rifugio presso la casa natale della beata Colomba da Rieti (1467-1501) in via della Collina, dove ricostituirono il monastero presto soggetto alla clausura.

Il complesso monastico si sviluppò aggregando al nucleo originario case ed orti adiacenti fino ad estendersi per l’intero isolato. Numerosi materiali di risulta scampati alla distruzione furono riutilizzati nella nuova costruzione: tra questi, il portale in pietra riadattato sulla facciata della chiesa, la cui lunetta fu dipinta da Bartolomeo Torresani con le immagini della Madonna in maestà, Sant’Agnese e San Pietro Martire. La chiesa a navata unica, allestita nelle forme attuali intorno alla metà del XVIII secolo, ha una pregevole cantoria in controfacciata. Il pittore Emanuele Alfani dipinse sul soffitto la luminosa scena della Gloria della beata Colomba.